Eu estava procurando alguns artigos sobre isso, e pude perceber que existe muito mais coisa do que eu simplesmente achava. Em resumo posso dizer assim.

Ext3 – Muito lento, mas ainda assim, muito seguro

Ext2 – O mais normal de todos, sempre fica na media ou melhor nos testes*

Jfs – O sistema de arquivos da IBM ficou entre melhor e bom na maioria dos testes*

*Script em Pearl que escrevia e apagava certos numeros de arquivos.

Se interessar existe um link para um estudo mais aprofundado disso em português…

E para quem gosta do inglês…

Estudo da Oracle

File System How to

Em suma é interessante o estudo do melhor FS a ser usado, pois de acordo com esses links existe um tipo de arquivo para cada perfil de maquina. Como pro exemplo para gravação de muitos arquivos pequenos que pode ser usado tanto o Jfs quanto o ReiserFS que nem citei lá em cima.

Ambos tem uma boa performa em gravação e leitura a disco. Mas nos testes de exclusão o Reiser apresentou um alto uso do processador que varia de 7% a 99% e quanto ao JFS e Ext2 que chega apenas a 1%.

Então antes de escolher o seu file system na proxima instalação, dê uma olhada com carinhos nesses links e escolha com calma, pois eles fazem uma grande diferença.